Nel solco della tradizione barnabitica, attenta alle scienze sperimentali tanto da poter vantare Barnabiti illuminati e uomini di scienze come Paolo Frisi, Francesco Denza e il cardinale Giacinto Sigismondo Gerdil, l'Istituto Zaccaria dispone di un Laboratorio di Fisica, di un Laboratorio di Scienze, di un Laboratorio di Lingue e di un Laboratorio di Informatica.

Il Laboratorio di Fisica, dotato di una ricca collezione di strumenti didattici (alcuni dei quali di particolare valore storico) ha come obiettivi didattici la verifica sperimentale delle leggi apprese a livello teorico o l'anticipazione di leggi mediante l'osservazione di esperimenti e la formulazione di ipotesi.

Il laboratorio aiuta la comprensione e rende tangibile il legame della fisica con una realtà che non è solo descritta, ma che diventa di fatto tangibile.

Se la scuola è chiamata a sviluppare competenze oltre che a fornire conoscenze, il laboratorio diventa una occasione importante di tale percorso.

In quest'ottica anche il Laboratorio di Scienze avvicina lo studente al mondo della biologia e della chimica consentendo di vedere il microcosmo, altrimenti invisibile, e di indagare la materia nella sua composizione.

Di particolare valore anche la collezione di minerali, sapientemente raccolti e catalogati direttamente dai Padri Barnabiti.

Il Laboratorio di Lingue richiama l'attenzione ad esse data dai Barnabiti fin dal Settecento quando il Papa Benedetto XIV affidò loro le missioni dei regni di Ava e Pegù in Birmania. Barnabiti della portata di Paolo Nerini e di Giovanni Percoto si distinsero nello studio della lingua birmana compilandone un dizionario e una grammatica. Nel 1774 il Padre Melchiorre Carpani pubblicò l'Alphabetum barmanum seu bomanum regni Avae finitimarumque regionum, dedicato al Papa Pio VI.

Il Laboratorio di Lingue è quotidianamente utilizzato per lo studio delle lingue inglese, francese, spagnola e cinese, sia nei corsi curriculari del mattino sia nei corsi extraxcurriculari pomeridiani.

Il Laboratorio di Informatica, ubicato al 4° piano nell'aula dedicata all'ex alunno Riccardo Paletti (pilota Ferrari di Formula 1, scomparso in un tragico incidente automobilistico durante il Gran Premio del Canada il 13 giugno 1982), è ampiamente utilizzato da tutti i plessi dell'Istituto: dai corsi di informatica e grafica per la Scuola Primaria, alle lezioni di informatica per Secondaria di Primo Grado e Licei, ai corsi per il conseguimento del patentino europeo del computer (ECDL).

Il Laboratorio di Informatica è anche la sede di svolgimento degli esami per l'ECDL (l'Istituto Zaccaria è sede d'esame certificato AICA).