(dal 1897, anno in cui le scuole barnabitiche di Milano cambiarono la loro denominazione in "Istituto Zaccaria" in occasione dell'avvenuta canonizzazione del fondatore dei Barnabiti - Sant'Antonio Maria Zaccaria - a opera di Papa Leone XIII)

P. Giosuè M. Radice Fossati
1897 - 1898

P. Orazio M. Premoli
1898 - 1906

P. Luigi M. Manzini
1906 - 1907

P. Luigi M. Magni
1907 - 1911

P. Filippo M. Marzorati
1911 - 1928 (primo periodo)

P. Alessandro M. Brugola
1928 - 1934

P. Filippo M. Marzorati
1934 - 1945 (secondo periodo)

P. Angelo M. Pioltelli
1945 - 1946 (primo periodo)

P. Filippo M. Marzorati
1946 - 1949 (terzo periodo)

P. Vittorio M. Michelini
1949 - 1952

P. Angelo M. Pioltelli
1952 - 1955 (secondo periodo)

P. Francesco M. Riboldi
1955 - 1964

P. Mario M. Salvadeo
1964 - 1998

P. Andrea M. Brambilla
1998 - 2000

P. Cesare M. Brenna
2000 - 2004

P. Ambrogio M. Valzasina
2004 - 2006 (primo periodo)

P. Mario M. Zardi
2006 - 2012

P. Ambrogio M. Valzasina
2012 - a.m.a. (secondo periodo)