L’Istituto Zaccaria è il frutto della secolare tradizione educativa della Congregazione dei Padri Barnabiti.

La presenza dei Barnabiti a Milano fu molto feconda durante i vent’anni dell’episcopato di san Carlo Borromeo perché l’Arcivescovo si giovò della loro collaborazione nell’opera di riforma dell’Arcidiocesi dimostrando loro grande stima e benevolenza. L’impegno scolastico, dedicato in origine alla formazione dei giovani religiosi, fu formalmente esteso all’educazione dei laici nel 1605 quando il Capitolo generale decise di aprire pubbliche scuole a vantaggio della gioventù milanese. Ciò si concretizzò nel 1608 e, da allora, crebbe feconda l’opera di apostolato e di educazione tra la gioventù mediante l’istituzione di scuole sia in Italia sia all’estero. Oggi i Barnabiti dirigono scuole proprie in Italia, Argentina, Brasile, Cile, Repubblica Democratica del Congo, Rwanda e Filippine; inoltre sono presenti anche in Afghanistan, Albania, Belgio, Canada, Messico, Polonia, Spagna e Stati Uniti d’America come insegnanti e educatori della gioventù, o come operatori pastorali in parrocchie, santuari, case di spiritualità, oratori, centri culturali e zone di missione.

L’educazione dei giovani nella scuola si fonda su alcuni principi generali che qualificano il tradizionale progetto educativo della Congregazione e impegnano l’intera comunità scolastica degli educatori – sia religiosi sia laici – degli alunni e delle famiglie.

Tali principi, oltre a riconoscere i diritti fondamentali della famiglia all’educazione, tengono conto dell’accresciuta incidenza della scuola nella formazione della persona e della società. Essi s’ispirano alla missione educativa della Chiesa che ha riaffermato la validità dell’apostolato scolastico nei documenti del Concilio Ecumenico Vaticano II, nel codice di Diritto Canonico e nel Magistero pontificio.

L’attuale denominazione "Istituto Zaccaria" risale al 1897, quando la scuola milanese fu dedicata al fondatore Antonio Maria Zaccaria in occasione della sua canonizzazione ad opera di papa Leone XIII. Esso è il frutto e la sintesi della secolare tradizione dei Barnabiti nel campo dell’educazione giovanile in Città, tradizione che data dal 3 novembre 1608 e si concretizza nelle Scuole Arcimboldi o di sant’Alessandro – cui nel Settecento fu concesso di chiamarsi Università – nell’Imperial Collegio Longone e nel Collegio dei Ss. Simone e Giuda.

L’Istituto Zaccaria continua oggi la sua strada nel solco della tradizione e, attualmente, comprende la Scuola Primaria, la Scuola Secondaria di primo grado, il Liceo Classico, il Liceo Scientifico e il Liceo Linguistico, aperti a ragazzi e ragazze.

Degno di rientrare nella storia dell'Istituto il selfie scattato il 2 marzo 2016 a Roma con Papa Francesco durante il pellegrinaggio dell'Istituto per il Giubileo della Misericordia. Il Papa ha indossato il cappellino appena donatogli dai nostri alunni e ha posato per noi: esperienza indimenticabile!