La chiesa dei Santi Paolo e Barnaba che si affaccia su via della Commenda è insignita del titolo di santuario di Sant’Antonio Maria Zaccaria perché al suo interno, sotto l’altare maggiore, riposano le spoglie mortali del Santo, fondatore della Congregazione dei Chierici Regolari di San Paolo (detti successivamente Barnabiti proprio in virtù della loro associazione a questa chiesa) e patrono dell’Istituto Zaccaria.

Essa non è che l’ampliamento della preesistente chiesa di San Barnaba in Brolo, risalente al secolo XII, della quale i Padri Barnabiti entrarono in possesso nel 1545 unitamente all'adiacente complesso conventuale.

Il primo progetto di ampliamento risale al 1547 e si deve al barnabita Padre Giacomo Morigia, architetto e primo superiore della comunità. Nonostante tale intervento la chiesa risultò essere nuovamente troppo piccola tanto che i Padri Barnabiti affidarono il progetto di ampliamento all’architetto perugino Galeazzo Alessi (1512-1572), autore a Milano anche di Palazzo Marino, del progetto della Basilica di San Vittore al Corpo e della facciata della Chiesa di Santa Maria presso San Celso.

I lavori durarono sette anni e il 5 settembre 1568 il Cardinale Arcivescovo di Milano San Carlo Borromeo, grande amico e benefattore dei Barnabiti, intervenne personalmente alla consacrazione dell’altare.

L’aula liturgica è caratterizzata da una divisione in tre zone ben distinte: la navata per i fedeli, il presbiterio e il coro (questi ultimi due riservati ai religiosi e, quindi, sopraelevati di tre gradini).

La volta della navata è a botte e presenta una elegante e uniforme decorazione – unica nel suo genere in Milano – disegnata dall’Alessi. Essa è limitata alla metà superiore degli spazi interni ed è divisa a sua volta a metà da un fregio floreale che corre lungo tutte le pareti. Tali decorazioni sono originali e non hanno mai subito modifiche. Sulla navata affacciano tre cappelle per ogni lato.

Il presbiterio è ricoperto da una cupola a padiglione disposta trasversalmente e l’ampio coro (sessanta posti) è sormontato da una volta a crociera terminante con un’abside. Gli stalli originali del coro furono disegnati dallo stesso Alessi e posti in opera nel 1567 ma furono sostituiti, secondo il modello originale, nel 1728. Essi furono presi a modello per la realizzazione di quelli, pur più suntuosi, del Duomo di Milano.

La chiesa dei Santi Paolo e Barnaba rappresenta, nella sua struttura, il primo esempio di "basilica della Riforma", tipologia di chiesa portata poi a compimento nella chiesa di San Fedele a Milano e nella chiesa del Gesù a Roma.

Le uniche parti affrescate della chiesa sono costituite dalla volta del coro e dal catino absidale. La prima è divisa da costoloni a stucco con motivi antropomorfi in quattro vele triangolari che raffigurano angeli musicanti e, nel centro, lo Spirito Santo. Nel secondo domina un Cristo risorto con la Vergine Maria e la schiera dei giusti dell’Antico Testamento sormontati dal Padre eterno con gli Angeli. Sia gli stucchi sia gli affreschi sono datati 1625 e sono opera di Camillo Procaccini (1555-1629).

Anche la facciata della chiesa, terminata nel 1568, è come i suoi interni divisa in due livelli sovrastati da un grande frontone triangolare. La parte superiore appare decorata con stucchi che riprendono i motivi presenti all'interno. Una simile decorazione era presente anche nella parte inferiore, ma fu rimossa nella seconda metà del secolo XIX. Le quattro nicchie contengono le statue dei santi Paolo, Pietro, Barnaba e Ambrogio.

Degna di nota la sagrestia monumentale coperta da una volta a botte ad arco ribassato, terminante sui lati con spicchi a vela, completamente affrescata in stile barocco dai fratelli Giovanbattista e Gerolamo Grandi, al centro della quale si può ammirare un bell'affresco di Carlo Preda raffigurante San Paolo in gloria, realizzato nel 1708. Alle pareti ci sono dodici tele di vari soggetti religiosi: le due più grandi (un’Annunciazione e un San Michele Arcangelo) attribuite a Camillo Procaccini.

Il campanile risale al 1570, con la parte superiore riedificata nel 1854.

La chiesa è anche dotata di una cripta, aggiunta solo nel 1893 su progetto dell’architetto Carlo Maciachini: in essa sono raccolte varie reliquie e ricordi dei santi della Congregazione (Sant’Alessandro Sauli, San Francesco Saverio Maria Bianchi, San Carlo Borromeo, San Pio V, San Francesco di Sales, i Beati cardinali Andrea Carlo Ferrari e Alfredo Ildefonso Schuster e altri…).

Tra le opere pittoriche su tela e le suppellettili presenti nella chiesa meritano una particolare menzione:

• due grandi tele (metri 4 x 4) sulle pareti del presbiterio commissionate nel 1573 al pittore bergamasco Simone Peterzano, maestro di Caravaggio, raffiguranti due episodi della vita dei Santi Paolo e Barnaba: l’elezione dei due Santi e i due Santi a Listra. Entrambe le opere sono caratterizzate da una divisione in due livelli: uno inferiore contenente i personaggi e uno superiore con sfondo di paesaggio. A tali quadri pare vi abbia lavorato anche il giovane Caravaggio;

• varie tele nel coro, fra cui una Madonna con Bambino, Sant'Anna, Santa Maria Maddalena e un Santo Vescovo di Sofonisba Anguissola (1531-1626) e Bernardino Campi (1522-1591) datata 1565 e una Madonna con San Carlo e San Filippo Neri di Carlo Nuvolone (1609-1661) della metà del 1600;

• una Pietà degli anni attorno al 1575, nella seconda cappella destra, opera di Aurelio Luini (1530-1593), figlio del più famoso Bernardino;

• una tela raffigurante i Santi Bartolomeo, Francesco e Bernardino, databile intorno al 1570, di Giovanni Paolo Lomazzo (1538-1600);

• un affresco staccato raffigurante una Madonna del Latte del secolo XV (allievo di Michelino da Besozzo?) e probabilmente proveniente dalla precedente chiesa di San Barnaba in Brolo;

• l'originario altare maggiore, del 1635, di ebano rivestito con tartaruga marina e ornamenti in argento, attualmente nella sagrestia.

(Le immagini sottostanti sono di Enrico Engelmann e di Giacomo Arrigoni)