L'Istituto Zaccaria è racchiuso nel "quadrilatero" compreso tra via della Commenda (sulla quale si affaccia) e le vie San Barnaba, Daverio e Fanti in quella che anticamente era la zona denominata Porta Tosa (oggi Porta Vittoria) appartenente al rione Orientale.

La toponomastica stradale e gli edifici della zona richiamano ancora oggi personaggi e vicende legati alla lunga vita della chiesa di San Barnaba e della Congregazione religiosa dei Padri Barnabiti che, dal secolo XVI, vi ha posto in essa la propria dimora.

La via San Barnaba (già strada del foppone) era già esistente nel Medioevo e limitava, sul lato nord, l'antica chiesa di San Barnaba già esistente nel secolo XII. Su di essa, inoltre, nel tempo si affacciavano il convento amadeita di Santa Maria della Pace (oggi la chiesa di proprietà dell'Ordine Equestre del Santo Sepolcro di Gerusalemme) e il convento cappuccino di Santa Prassede (sull'area in cui ora sorge il palazzo di giustizia) fondato da San Carlo Borromeo che, nel 1568 - proprio in questa via - subì il fallito attentato da parte del Pessina.

La via della Commenda ha mantentenuto per secoli la caratteristica di "strada degli ospedali": già prima degli attuali edifici del Policlinico esistevano, nel Medioevo, complessi assistenziali concessi in usufrutto o, appunto, "in commenda" all'Ordine dei Templari e, in seguito, al Sovrano Militare Ordine di Malta. La felice coincidenza, nel 1891, del trasporto delle spoglie moratli di Sant'Antonio Maria Zaccaria (che aveva conseguito la laurea in medicina all'Università di Padova) nella chiesa di San Barnaba sviluppò una notevole devozione per il Santo da parte di medici, infermieri, malati e parenti che - ancora oggi - ricorrono a lui per richiedere grazie e intercessioni.

La via della Guastalla prese il nome dall'edificio, con annesso parco, fondato da Ludovica Torelli, contessa di Guastalla, realizzato come collegio per le fanciulle milanesi. La contessa Torelli - che aveva ben conosciuto in vita Sant'Antonio Maria Zaccaria - fu grande sostenitrice e benefattrice della giovane famiglia religiosa dei Barnabiti.

La via Sant'Antonio Maria Zaccaria ricorda e celebra nella Città di Milano il fondatore dei Padri Barnabiti Sant'Antonio Maria Zaccaria, morto nel 1539 e canonizzato da papa Leone XIII nel 1897.

La via Paolo Andreani ricorda la figura di un nobile milanese la cui famiglia ha dato molto ai Barnabiti e alla chiesa di San Barnaba. Il conte Gian Mario Andreani - ricordato in un'imponente lapide all'ingresso della sacrestia di San Barnaba - al tempo delle soppressioni napoleoniche, su consiglio di Carlo Imbonati, grande amico dei Barnabiti, acquistò nel 1810 a suo nome e spese tutto il complesso di San Barnaba per sottrarlo alla confisca da parte dello stato. In tal modo i Barnabiti poterono continuare ad abitare il convento e officiare la chiesa. Il conte, nel suo testamento, concesse in uso ai Barnabiti (pur conservandone la proprietà, cosa che salvò pure dall'incameramento dei beni ecclesiastici operato nel 1866 dal nuovo Regno d'Italia) tutto il complesso e ne dispose il ritorno ai Barnabiti, cosa che avvenne nel 1881 ad opera degli eredi degli Andreani, i Sormani.